Сабж. Вроде бы это даже рекомендует FHS...
Даже моя небогатая фантазия смогла придумать сценарий плохого события:
1. Демон daemon загружается и создаёт /var/run/daemon.pid файл со своим PID.
2. Отключают свет, UPS'а нет.
3. При следующей загрузке daemon находит (старый) /var/run/daemon.pid и завершается с ошибкой, мол демон уже запущен.
4. Тем временем в системе запускается какой-то процесс bla-bla с PID, равным /var/run/daemon.pid.
5. Пользователь решает рестартнуть daemon (убийство+запуск). Убийство демона выглядит так:
kill -SIGTERM `cat /var/run/daemon.pid`
-----------------
Вопрос 2. Чем отлючаются /var/run и /run? В FHS второго нет, но в Арче есть. /run монтируется как tmpfs, т.е. то, что нужно. Но, тем не менее, по дефолту все арчевые демоны создают pid-файлы в /var/run, который на диске и при загрузке не чистится.