Посоветуйте p2p server под линух

Ты очень удивишься. P2P - распределенная сетевая структура. Каждый клиент является сервером. Поэтому настройки - в твоем readme к конкретному серверу/клиенту.

Не совсем. По крайней мере для ed2k/emule. Там сервер не раздаёт и не качает файлы, а работает как база по тому, что у кого из подключённых к нему клиентов лежит.

В BitTorrente точно также, сервер служит трекером для координации.

Насколько я помню, то стандартным пакетом bittorrent (в Debian) можно такое делать. Правда я давно пробовал :)

Самому лень посмотреть? http://freshmeat.net/browse/251/