/home нет свободного места

Перелогинься или перезагрузись

Раз места не прибавилось, значит файл ещё чем-то используется. В Linux файл не удаляется, пока последняя программа не перестанет его использовать. Какой дистрибутив? Останови иксы, или сделай как сказано в первом совете.

Спасибо большое.
2 дня мучился, и не додумался перелогиниться.

>/home отведен отдельный раздел
зачем? просто /
и ещё файлы root и не принадлежащие пользователю мышью не стираются