errno = 24 (Too many open files)

что там за резервное копирование у вас?))))

по сути - вы новые ограничения установили через limits.conf? тогда для демонов оно не работает, т.к. настройки применяются при логине пользователя (сам разок наступал на эти грабли), если ваш скрипт выполняется от супер пользователя то установку сделайте непосредственно в нём

1. limits не работает для демонов, стартующих через init 2. ежели в limits прописывать лимиты для всех пользователей через *, то к руту они не применятся. Его надо указывать явно как root.

Куда «утекают» дескрипторы?

Это у вас так и задуманно или софт глючит?