сабж. в PDF или в Dejavu, так чтобы потом удобно было читать с экрана, либо распечатать на принтере.
подозреваю что imagemagik + ghostscript должно быть достаточно (предположим все страницы отсканированы ровно и ручная правка не требуется), но опыта в подобных делах не имею.