При попытке запустить что угодно через pkexec процесс ловит SIGTERM (код возврата 143).
$ pkexec /usr/libexec/gsd-backlight-helper --set-brightness 448
zsh: terminated pkexec /usr/libexec/gsd-backlight-helper --set-brightness 448
При этом с некоторой вероятностью (очень маленькой, 1 из 20 примерно) команда выполняется успешно.
ConsoleKit выпилен, заменён на systemd, но это не должно быть важно.
Установлен polkit 0.105.
Как исправить?
Проблему обнаружил, когда gnome-settings-daemon криво регулировал яркость при нажатии соответствующих клавиш клавиатуры.