Замена одной команды с параметром на другую.

функция вместо алиаса
ну или одноименный скрипт

Буду краток: Да.

man bash

Про скрипт знаю, но это не то. Можно про функцию поподробнее?

Гениально.

function update() {
    if[ "$1" == "-a"]; then
        yaourt -Syua --devel
    fi
}

Если так невтерпёж именно алиасом, попробуй alias update-a='...'

man bash (конкретно ALIAS)

Алиас не так уж и сильно нужен был, я не знал, что так реализовать тоже можно. Спасибо, работает.