Если открыть через ФМ раздел со множеством файлов на ntfs разделе, то процессор грузится очень сильно, возможно виноваты программы типа селинукса. С недавнего времени на моей fedora 17 это так. В гугле решения проблемы или нет или оно закопано очень глубоко, поэтому пусть будет один экземпляр на лоре:)
Чтобы уменьшить нагрузку на процессор нужно на ext разделе сделать симлинк на ntfs раздел и заходить на ntfs раздел только через этот симлинк.