# добавляем в fstab отдельную запись для /boot
echo 'UUID=whatever /boot <тип_файловой_системы> defaults 0 0' >> /etc/fstab
# временно подключаем /boot в /mnt
mount UUID=whatever /mnt
# переносим данные
mv /boot/* /mnt
umount /mnt
# подключаем /boot на постоянное место
mount /boot
# grub-install позаботится об остальном
# возможно, придётся вручную прописать в device.map, что /dev/<флешка> - это (hd0)
grub-install /dev/<флешка>