случайно удалил squid.conf

Здесь. Команда config.

В следующий раз рекомендую использовать etckeeper. Очень классная штука.

А по поводу восстановления - можешь попробовать поискать файл по ключевым словам прямо на блочном устройстве, с которого у тебя смонтирована файловая система в /. С некоторой вероятностью он ещё может быть не затёрт.

сам squid работает до сих пор, и «помнит» правильный конфиг.

главное никаких service squid reload/restart =)