Существует ли универсальный пакетный менеджер?

Для семейств, да. Типа deb или rpm.

Да:

configure && make && make install

packagekit. Не совсем то, но хотят сделать именно сабж.

как-то так

в памяти всплывает, gnu guix, но не уверен, что он универсальный. вообще, универсальные не нужны. думается. даже packagekit не шибко используется, хотя это не замена, а надстройки

Какая же тут универсальность? Ты басню «Лебедь, щука и рак» читал?

Гномеры пилят там что-то. А вообще, думаю, это задача Леннарта. ;-)

сплюнь

http://wiki.etersoft.ru/Epm

Да. Я пишу скрипты автоматизирующие процесс сборки софта из исходников и устанавливаются они в /usr/local, для которого выделен отдельный раздел. Таким образом, при установке другой системы все что находилось в /usr/local не тронуто и продолжает работать. :)

Они все универсальные :)

Если времени мало, создавай .rpm пакет. В дрегих дистрибутивах он ставится через alien

*.msi

Делай тарболы с исходниками, мейнтейнеры сами разберутся.