Откуда Debian берёт переменные среды?

Ты лучше скажи, что это за переменная.

У меня это _JAVA_OPTIONS.
Но вообще, любая произвольная переменная.

/etc/profile.d/<имя_скрипта>.sh

Выполняется при входе любого пользователя в систему, отлично годится для втыкания глобальных переменных среды.

$HOME/.bash_profile

А здесь можно задать то, что нужно конкретному пользователю.

_JAVA_OPTIONS

Запиши в init-скрипт нужного сервиса или прочти документацию, где наверняка написано, что делать с этой переменной.

не всегда. как показывает практика, иксы иногда хотят свои переменные, которые нужно размещать в ./.xinitrc

Херню написал.

у меня не заводится PATH из .bashrc для openbox-овых хоткеев. из .xinitrc все работает. То же с переменной для стима.

/etc/profile.d/

Выполняется при входе любого пользователя в систему

FYI: Демоны в систему не входят.

.bashrc и .bash_profile как-бы разные файлы.

/etc/profile.d/

Во-первых, это для логин-шеллов. Во-вторых, это для всех пользователей. Так что херню ты написал.

скорее всего не в инит-скрипт, а в /etc/default/smth, который для таких целей и предназначен.

Это не означает, что .bash_profile работает для иксовой сессии. Вернее, некоторое время назад, некоторые ущербные DM (GDM, например), читали этот файл, но данная ошибка давно устранена.

Оно не всегда предусмотрено, потому я обобщил. ТС-то секретничает по поводу своих задач :)

Да не секретничаю я. Просто хочется какой-то общий метод узнать, а не решение конкретной проблемы.

поддержу вышевысказавшихся, в инит-скрипте самое место
/etc/default тоже инит-скрипты читают типа

if [ -f /etc/default/<daemon-name> ]; then 
 . /etc/default/<daemon-name>

/etc/security/pam_env.conf

Спасибо, кэп)