Собственно как? Понимаю можно ручками CSS и прочее, но наверное можно и иначе, к примеру сама документация Doxygen`а выглядит потрясно, может какие профили есть? В доках поиск веду по этому поводу, но что то не найду никак.
Вопрос решен:
Стиль меняется правкой css.
Вертикальное меню добавляется путём:
doxygen -g #генерируем Doxyfile
В Doxyfile выставляем
GENERATE_TREEVIEW = YES
остальное по вкусу, жизнь прекрасна :)
А ещё лучше взглянуть на оф,доки
file:///usr/share/doc/doxygen/html/index.html
соответственно поставив пакет
(к примеру для debian) doxygen-doc