Не запускается fbreader

а через клик на иконке - нет

Приложения, собранные под линукс, не запускаются под виндовсом простым кликом по иконке.

А если без шуток, то, скорее всего, что-то с PATH. Возможно, путь, куда установлено приложение, присутствует в PATH в сессии bash, но отсутствует в окружении, из которого запущена графическая оболочка. К примеру, если PATH прописан в ~/.bashrc, то он вряд ли распространится на запуск приложений через «клик по иконке».

which FBReader
/usr/bin/FBReader

Из /usr/bin все остальное запускается.

Огласите DE и метод создания «иконки», у меня например «иконки» - это элементы Avant-Window-Navigator, натянутого на третьегнома.

Огласите DE и метод создания «иконки»

Gnome 2, можно было догадаться. Иконка создалась сама после сборки «читалки» из git-репозитория. Собирал, например, geany - там всё работает.

Почитайте все логи, может быть, где-то прав не зватает? Было похожее с VirtualBox.

Если в логах пусто, возьмите auditd.

Gnome 2, можно было догадаться.

Telepathen im Urlaub.