А можно ли доустанавливать программы в систему, запущенную из Unetbootin?

Если LiveCD система поддерживает каскадное монтирование посредством UnionFS или AUFS корневой файловой системы, доступной на чтение и образа файловой системы, доступной на запись, находящейся в файле на накопителе, а не файловой системы в памяти (TMPFS), то все изменения в процессе работы LiveCD системы будут сохраняться в этом образе.

У меня не получалось при помощи сабжа сделать подобное, после перезагрузки сброс на дефолт идет. А вот встроенная в ubuntu тулза точно умеет подобные live-usb делать, там даже размер под данные сам указываешь.

«Тулза» сама ничего не умеет, в том плане, если LiveCD система не поддерживает сохранение изменений в образ на накопителе, то ничего не добавит эту возможность без внесения изменений в init сценарий initramfs.

Что-то не могу понять, как устроен Unetbootin.

Ты его точно запускал? Там на самом видном месте опция с припиской «только для убунты».

Создаешь в корне флешки образ ФС (ext2 например) с именем casper-rw и запускаешь систему с параметром ядра persistent. Можно отредактировать загрузочное меню на флешке, добавив этот параметр туда.

Firestarter