qcheck *
А потом попарсить простыню на предмет файлов не принадлежащих никаким пакетам.

Не въехал, как это применить.
Cвелосипедил скрипт с equery b. Медленно, но работает, задача разовая.

/var/db/pkg/*/*/CONTENTS

Реквестирую скрипт.

man comm

Да было б чего реквестировать, сейчас какашки полетят.

find /usr/lib32 |while read ff ;do equery b "$ff">/dev/null|| echo "$ff" ; done > govno.list 

Можно вместо echo сразу rm -rf, но я с ручным контролем.

Use findcruft, Luke

$subj