ntpdate выдаёт непонятную ошибку

Чего не понятно сокет занят работающим демоном. А ты к тому же пытаешься посмотреть расхождение с самим собой. Для проверки юзай ntpdc -p.

ntpdate предназначено для разовой синхронизации, её лучше выполнять до запуска ntpd. Поскольку если расхождение слишком большое, то ntpd обругается и не будет работать.

Ну все правильно. Во-первых, ntpdate по-умолчанию, пытается устанавливать соединение с порта 123, а он уже занят демоном ntpd. Во-вторых, лучше не надо запускать ntpdate при работающем ntpd, так как по умолчанию он исправляет системное время, что может привести к неправильно оценке дрейфа часов. Для того, чтобы время не иземнялась используется опция -d, для работы с пользовательского порта (на 123) используется -u:

# ntpdate -d -u 127.0.0.1

Но лучше:

# ntpdate -d -u 128.9.176.30

запомнить offset и посмотреть через некоторое время, уменьшился ли...