Некоторые люди утверждают, что перекачивать данные по шине PCIe медленнее, чем по SATA-II.
Нашел тут гайд, где английским по белому написано, что скорость PCIe 3 = минимум пол гигабайта в секунду (per lane, которых 16 штук).
Учитывая, что размер всего дерева portage меньше гигабайта (т.е. займёт доли секунды), а расчёт зависимостей длится минутами, передача по шине PCIe вообще незаметна.
Практический замер: PCIe x16 at x16, transfer rate=1.65 GB/s (read and write) (one card)
По SATA-II скорость 300 MB/s и то теоретическая. Практическая у SATA-II 285/275MB/s (там же)
Самостоятельно померить не получается, потому что утилита bufferbandwidth не опакечена.