Пишу в «железный» форум т.к. проблемы начинаются ещё при POST.
Если при включении после выключения компьютер пролетает его мгновенно, то при перезагрузке тормозит на нём минуту (к сожалению не могу уточнить - вместо нормального экрана POST у меня идиотский логотип сборщика). Затем при таком сценарии проходит ещё минута после выбора операционки в GRUB (до того как исчезнет надпись Starting UP...), а потом более 10 мин. до загрузки Windows Vista. При загрузке Linux тормоза где-то такие же: в таком случае тормоза появляются на стадии проверки USB-устройств (указывает ошибку с кодом то ли, -100 то ли -150 и что-то говорит про буфер).
Ещё раз обращаю внимание на то, что при загрузке после выключения, а не перезагрузки ни чего такого не происходит и всё идёт нормально и даже очень быстро, скажем, Linux при загрузке после полного выключения грузится за десять секунд, а экран POST пролетает быстрее, чем за секунду.
Т.к. по указанным ваше причинам грешу на USB устройства, укажу, что из них подключены внешний жесткий диск (оно?), веб-камера и принтер.