Почему бы не заставить portage сразу компилировать в отдельную указанную директорию?
Т.е. предполагаемая процедура такая:
1) на каком-то компьютере установить все нужные пакеты в отдельную директорию
2) затарить и растарить на целевой диск
Это позволило бы не держать тулчейн на целевом диске.