Не совсем понял, что Вам требуется. Выделить на диске раздел вручную, зашифровать его, в нём создать LVM-разметку, на неё установить Ubuntu?
Я когда-то данную проблему решил таким образом: сначала вручную создать всю нужную разметку (включая зашифрованный раздел и LVM-разделы в нём), потом натравить установщик на уже созданную разметку, установить. Написать /etc/crypttab. Не помню, нужно-ли было указывать что-то для загрузчика, или всё само подхватилось.

Не нужно. Правильно убунта делает, что не позволяет оставлять незашифрованным swap и прочее.

а вы разметку делали в gparted? В gparted же нельзя работать с crypt-luks разделами, он их определяет как неизвестные

Нет, через терминал и gdisk. Через терминал также все прочие манипуляции с диском.

а можно мануальчик как это все делать? И как писать /etc/crypttab?

Я понимаю: гугл и все такое. Быть может у вас есть отличный мануал. Кто знает

ftp://ftp.slackware.com/pub/slackware/slackware-current/README_CRYPT.TXT

Спасибо вам за то, что подсказали, что можно не в убунту разметить диск. Кстати, где-то читал, что убунту лучше не делать вручную шифрование, только автоматом. Наверное поэтому у меня и не получалось именно в убунту разметить диски для шифрования вручную

Я пользовался Arch Wiki. Только монтировать ничего не нужно - этим потом займётся установщик.
Вообще, нужно сначала уточнить. Вам требуется зашифровать всю систему (/, /home, SWAP)? UEFI или Legacy BIOS? GPT или MBR нужны на диске? Я исхожу из предположения, что нужны UEFI и GPT:
Скорее всего, сначала Вам нужно создать разделы /boot/efi (если есть UEFI) и /boot (не знаю, если честно, позволяет-ли GRUB держать /boot на зашифрованном разделе; я на всякий случай выносил). Далее создать большой раздел, который будет содержать систему и данные. Через gdisk создание таких трёх разделов делается так (привожу весь листинг работы с ним):

➜  ~  sudo gdisk /dev/sda
GPT fdisk (gdisk) version 1.0.0

Partition table scan:
  MBR: protective
  BSD: not present
  APM: not present
  GPT: present

Found valid GPT with protective MBR; using GPT.

Command (? for help): o
This option deletes all partitions and creates a new protective MBR.
Proceed? (Y/N): y

Command (? for help): n
Partition number (1-128, default 1): 
First sector (34-976707550, default = 2048) or {+-}size{KMGTP}: 
Last sector (2048-976707550, default = 976707550) or {+-}size{KMGTP}: +100M
Current type is 'Linux filesystem'
Hex code or GUID (L to show codes, Enter = 8300): EF00
Changed type of partition to 'EFI System'

Command (? for help): n
Partition number (2-128, default 2): 
First sector (34-976707550, default = 206848) or {+-}size{KMGTP}: 
Last sector (206848-976707550, default = 976707550) or {+-}size{KMGTP}: +1G
Current type is 'Linux filesystem'
Hex code or GUID (L to show codes, Enter = 8300): 
Changed type of partition to 'Linux filesystem'

Command (? for help): n
Partition number (3-128, default 3): 
First sector (34-976707550, default = 2304000) or {+-}size{KMGTP}: 
Last sector (2304000-976707550, default = 976707550) or {+-}size{KMGTP}: +460G
Current type is 'Linux filesystem'
Hex code or GUID (L to show codes, Enter = 8300): 8E00
Changed type of partition to 'Linux LVM'

Command (? for help): p
Disk /dev/sdb: 976707584 sectors, 465.7 GiB
Logical sector size: 512 bytes
Disk identifier (GUID): 798A7C08-59A7-425E-B89B-C9BBE51A2F7A
Partition table holds up to 128 entries
First usable sector is 34, last usable sector is 976707550
Partitions will be aligned on 2048-sector boundaries
Total free space is 9715645 sectors (4.6 GiB)

Number  Start (sector)    End (sector)  Size       Code  Name
   1            2048          206847   100.0 MiB   EF00  EFI System
   2          206848         2303999   1024.0 MiB  8300  Linux filesystem
   3         2304000       966993919   460.0 GiB   8E00  Linux LVM

Command (? for help): w

И как, всё заработало? Я просто достаточно давно это делал всё, может что-то изменилось.

да, зашифровать надо все

хм, а вот и нифига Зашел в Убунту без запроса расшифровки диска... Видимо придется таки танцевать с командной строкой

Дополню свой ответ, в таком случае. После установки Ubuntu на созданную разметку, нужно примонтировать корневой раздел, и создать на нём файл /etc/crypttab примерно следующего содержания:

lvm    /dev/sda3    none    luks

Спасибо за ответ. Как реализую, сообщу. Будьте на связи :)

Немного дополню

Не помню, нужно-ли было указывать что-то для загрузчика, или всё само подхватилось.

Если устанавливаешь уже на размеченный lvm, то должно подхватится.

позволяет-ли GRUB держать /boot на зашифрованном разделе

Нет и на lvm не позволяет тоже.