Добавление новых пакетов в Debian *.deb

man dpkg. А конфигурить лучше всего ручками :)

Добавляют и убирают и во время и после инсталляции обычно dselect-ом. Не понятно, чем же система была проинсталлирована, если такие вопросы возникают. Сеть, устройства, X и прочее от _ДИСТРИБУТИВА_ зависеть никак не могут, в противном случае это плохой дистрибутив, чего о Debian сказать нельзя. Так что эти конфигурации действительно настраиваются при помощи vi (руками), или какими-то tools для администрирования.