Не загружается с HDD

Отключи ssd и переустанови кали, НО обязательно с сиди диска. Так у тебя само всё заработает, зуб даю.

На ssd винда и visual studio, там вообще 10 гб свободно

Я намекал на то, что загрузчик у тебя куда то не туда куда нужно установился. Тут на днях был тред, где человек жаловался на убожество штатного установщика Kali, так что мой совет был создать максимально простую штатную конфигурацию.

А так несколько советов:

1. Отключить ssd от греха подальше, для сохранности данных.
2. Если система загружается в режиме UEFI то отключить функцию Secure Boot и перевести в режим Legacy Boot.
3. Переустановить всё заново, с разметкой не мудрить — при возможности отдать весь диск под авто разметку, либо создать максимум три раздела: под корень (/), хомяк (/home) и подкачку (swap). Свап делать равным оперативке, но более 2 гигов не имеет особого смысла (при необходимости можно создавать дополнительные свап-файлы). Файловая система ext4. Можно вообще один раздел под корень, свап потом в файл и монтировать раздел с пользовательскими данными отдельно. В хомяке ни чего особо ценного нет — по умолчанию валяются пользовательские настройки программ, они один фиг просто так на другой дистрибутив не переносятся.
4. Установка загрузчика GRUB (для режима Legacy Boot): загрузчик ставиться в специальную область диска перед первым разделом (MBR), т.е. указываешь свой HDD. Частая ошибка — установка загрузчика не на постоянный накопитель, а на установочную флешку или не на сам диск, а на раздел (так можно, но тут это совсем не нужно).