Вот тут написано, что если хочется заскриптовать настройки системы, то нужно создать профиль:
https://en.wikipedia.org/wiki/Gentoo_Linux#Profiles
При создании профиля желательно не влезать в стандартные (так как они обновляются), значит обязательно иметь отдельный оверлей, в нём отдельный профиль, в который прописывать parent-профили.
Причём при обновлении parent-профилей вся система будеет ломаться каждый раз. Всё правильно?