Разве USE флаги не так прекрасны, чтобы включить патчи в состав самого busybox и собрать с нужными USE-флагами?
equery files genkernel-next | grep patches
/usr/share/genkernel/patches
/usr/share/genkernel/patches/busybox
/usr/share/genkernel/patches/busybox/1.20.2
/usr/share/genkernel/patches/busybox/1.20.2/1.18.1-openvt.diff
/usr/share/genkernel/patches/busybox/1.20.2/busybox-1.20.1-strict-atime.patch
/usr/share/genkernel/patches/busybox/1.20.2/busybox-1.20.2-glibc-sys-resource.patch
/usr/share/genkernel/patches/busybox/1.20.2/busybox-1.7.4-signal-hack.patch