В чём разница между stage3-hardened и stage3-hardened-selinux

Судя по названию отличаются профилем. hardened это разные меры по повышению безопасноти, а SeLinux  — отдельный ужос.

Рекомендую погуглить что такое SELinux.

Я сталкивался немного с SELinux - да, секурно (по крайней мере выглядит), но на каждый чих нужно создавать политики. Короче, это для серверов.