dual boot ssd+hdd

Всё будет норм.

Ну кроме того что если ты запустишь винду, забыв отключить второй диск, она может на него залезть и затроянить если микрософт захочет.

троян? каким образом

Обычным, если у винды есть доступ к диску (а он есть если диск подключён к кабелю) она может там как угодно напакостить. Винду надо по-максимуму огораживать, лучше на отдельный комп, и знать что этот комп ненадёжен в плане безопасности, а ещё лучше в виртуалку.

собираюсь юзать windows для игр, они будут закачаны на hdd где собственно будет стоять сам линукс. если ниче не делать то фактически винда и не нагадит, да?

Скорее всего нет, но если микрософт вдруг решит взломать твой линукс и украсть из него какие-нить секретные данные - ему никто не помешает. Чтобы быть в безопасности, надо отгородиться от винды физически - отдельным железом.

страшно.

Конфликт будет, между разметками - нет.

винда в своем случае стоит на SDD 128 GB GPT

Винда в ЕФИ-режиме. Под это тебе придётся танцевать. Сам линукс можешь устанвливать в любом режиме. Но если хочешь, чтобы линукс загрузчик (вероятнее всего это будет груб) видел и мог загружать обе системы, то нужно установить ЕФИ-загрузчик (грубЕФИ). Нужно решить, на какой из дисков ты хочешь его установить.

Ну и, конфликт может быть в том, что твой компьютер (который ты не назвал) может в принципе не загружать никакой линукс.

Винда нагадит всегда и везде.

Ну тут вся разница между тем как может быть установлен Линукс и то, что сделает (позволяет сделать) какой-то конкретный инсталлятор.

Если винда, gpt, то загрузка uefi, не переключать же каждый раз в BIOS тип загрузки. Тогда, получается, линукс поставит свой загрузчик на esp-раздел SSD, пропишет его как надо. А потом винда при обновлении может всё поправить. И линукс останется, а загрзуться не сможет. Так что держать под рукой флешку и знать каким командами восстанавливать загрузчик линукса.

Ну или дополнительно ставить загрузчик (grub) в MBR НЖМД и в случае чего переключать в BIOS загрузку в Legacy, если это ещё работает.