Gentoo не может определить корневой раздел

Передавай ядру rootfstype=ext4 или что там у тебя.

Если ядро самособраное: Модули нужной ФС в ядре есть? Лучше вкомпиль статически.

Если без initrd, то не лучше, а единственно возможный вариант.

Файловая система на корневом разделе какая? ext2? ext3? ext4? Если одна из этих - неплохо бы увидеть выхлоп

grep CONFIG_EXT._FS /path/to/your/config

Если грузишься без initrd - модули для твоей ФС должны быть собраны статически с ядром

Может перейти с grub на grub2.

И снести offtopic, а диск разметить через parted как gpt.