Итак, debian + openbox. После установки системы поставил адекватный терминал urxvt, настроил в ~/.Xdefaults - работает отлично.
Однако далее я обновил ссылки и при запуске через x-terminal-emulator (т.е. стандартной системной ссылке на терминал) получаю дефолтный urxvt без настроек.
Можно и хоткеями пользоваться, только mc тогда надо запускать через сам urxvt, а не через execute или gmrun, т.к. его настройки цветов тогда получаются из дефолтного urxvt.
Искал в сети решение, нашел лишь несколько топиков, в одном из которых человеку помогла xrdb -merge ~/.Xdefaults &, однако у меня толку никакого от нее. На другой терм лезть не хочу - привык к этому, да и для нетбука старенького он в самый раз.