а чего kdenlive старый такой? несколько месяц назад сталкивался с неприятием мп3 на федоре (тоже 0.9.10), но не вникал, тупо в wave перегонял (с ним все ок было). сейчас 15.12.2 стоит, в нем все норм. правда, млт у тебя вроде свежий.
притащит, без них никак, причем нормальный такой кусок. кстати, подумалось (я не шарю, так, предположение) что может проблемы из-за сочетания свежего mlt и старого kdenlive?