Как в Blender добавить в видеосеквенсор второй *.blend файл?

Ни разу не пробовал делать это с секвенсером, но вообще в блендере можно вливать один .blend в другой. Смотри меню File.

А что, инструментов которые для того и предназначены что сшивать 2 видео файла уже не существует?

В VSE можно вставлять сцены. Чтобы добавить сцену из другого файла, выбари File->Append или Link. В этом случае блендер будет видеть собственные файлы как каталоги, заходи в нужный файл, выбирай каталог Scene и свою сцену. В VSE - Add->Scene->MyScene. Должно сработать.

Разница Append и Link в том, что Append полностью копирует сцену из одного файла в другой, а Link просто создаёт ссылку на сцену в другом файле и если там она поменяется, то изменения также отразятся и в файле, куда добавлена сцена.

Чтобы взять с импортированной сцены монтаж, а не 3D, то надо у стрипа ещё поставить галку use sequence.