ffmpeg split

чё спросить то хотел?

Отформатировать флешку в NTFS (или exFAT). Телеки скорее всего поймут. Но ты погугли спецификации модели, если знаешь.
Можно пережать, уменьшить битрейт и разрешение кадра (но не частоту!), если качество не важно. Можно, например, в Handbrake или Avidemux.
Если все-таки хочешь резать, то лучше в mkvtoolnix, он и специальную опцию для этого имеет.
Порезать можно и в ffmpeg, но это долго и глючно (субтитры глючить будут), как-то так:

ffmpeg -i in.mkv -to 00:50:00 -map 0 -c copy part1.mkv
ffmpeg -i in.mkv -ss 00:50:00 -map 0 -c copy part2.mkv

А будут ли глюки, если резать по ключевым фреймам?

На том конце скорее всего поддерживается ntfs, поэтому твоё желание испортить файлы неоправданно.

Если -ss ... писать перед -i ..., будет работать быстрее.

Да уже неактуально)