Домашняя директория шифрована, соответственно файл ~/.eid/authorized_certificates во время аутентификации не доступен.
Как лучше сделать?
Вижу варианты: симлинк из не шифрованного места в ~/.eid/authorized_certificates (authorized_certificates - это открытый ключ, так что всё безопасно) или bindfs с той же сутью. Изменить конфиг, что бы ~/.eid/authorized_certificates для конкретного юзера брался из не шифрованного места. Но как и где этот конфиг править?
p.s. Настройку производил по инструкции с заменой библиотеки для моего токена - libeTPkcs11.so, на суть задачи это никак не влияет. Для не шифрованного $HOME всё работает.