Как зашифровать раздел boot во время установки Debian?

Никак

На самом деле можно.

Не знаю как при установке, но руками да.

При установке можно нажать Alt+F2, и дальше руками. Но лучше вообще не использовать этот убогий установщик, debootstrap сделали не зря.

https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=814798

И это, отдельный /boot не нужен.

При установке можно нажать Alt+F2

Это наверняка сломает процесс установки.

и дальше руками

Уж проще сразу руками от начала и до конца.

Но лучше вообще не использовать этот убогий установщик, debootstrap сделали не зря.

++

Debootstrap лучший выбор для твоей идеи.

Если без него, то нужно загрузиться в «Экспертный режим» установщика. Пройти все этапы до разметки, после этого либо комбинацией клавиш или выбор соответствующего пункта установщика для доступа к терминалу. Создать разделы с luks, открыть его, перейти в разметку в установщике, создать vg, lv, указать точки монтирования. Установить Grub, далее добавляем записи в /etc/crypttab, в /etc/default/grub добавляем ENABLE_CRYPTDISK, в терминале обновить update-initramfs, update-grub. Как-то так.

Делал такое давно, сейчас только через debootstrap.