То ли я туповат, то ли лыжи не едут?

внутри которой такие файлы header.key , primary.key и т. д.

А ещё name.key и masks.key? А всего обычно 6 файлов с расширением .key. Все правильно, так обычно и выдают ЭЦП.

Файла *.crt или *.cert нету.

Иди на сайт конторы которая выдала тебе ЭЦП и скачай. Ну или спроси у них откуда скачать. Сертификаты ставятся отдельно обычно. Не буду утверждать что всегда, но как правило так.

В итоге выяснилось что нам нужны сертификаты для vpn туннеля, а это мне выдали для документооборота, а у них теперь vpn туннель работает без сертификатов только по логину-паролю, и сайт Росимущества что-то не заходит на него

И где почитать про серфтикаты потому-что кажется что кроме директории с чепухой на флешке должен быть файл еще один с контейнером тоже названный буквенно-числовой чепухой?

Почитай в документации на vipnet client. ЕМНИП, у него своя атмосфера и сертификаты в dst-файлах.

То, что вам выдали - это контейнер, в котором лежит ключевая пара. Теоретически там может лежать и сертификат. Для этого вам потребуется установить криптопро (https://www.altlinux.org/%D0%9A%D1%80%D0%B8%D0%BF%D1%82%D0%BE%D0%9F%D1%80%D0%BE#%D0%9E_%D0%9A%D1%80%D0%B8%D0%BF%D1%82%D0%BE%D0%9F%D1%80%D0%BE вот тут инструкция как им пользоваться в lin) Единственное что - vipnet сlient не умеет работать с ключами в формате крипто про, и на данный момент нет возможности (по крайней мере легкой) их конвертировать.