В месу добавили патч позволяющий добавить в .drirc указание какой GPU использовать для указанных приложений.
Пример
<driconf>
<device driver="loader">
<application name="Glmark2" executable="glmark2">
<option name="device_id" value="pci-0000_01_00_0" />
</application>
</device>
</driconf>
Подробности http://cgit.freedesktop.org/mesa/mesa/commit/?id=3ecd9e1a93817180fa5b280e5fe1...