Какая разница в специальностях при поступлении на программиста

Когда различия в тематике несущественны, надо выбирать по людям.

И там, и там у тебя будет задача околопрограммерская, но совершенно определенно не та, что понадобится «в реальной жизни». Поэтому нужно выбирать эту задачу не по строгому совпадению темы, а исходя из навыков, связей и просто интересности и приятности времяпрепровождения, которые она тебе даст.

Если у кафедры есть хорошие партнерские соглашения с какими-то конторами, стажировки, семинары и регулярные конференции и т.п., если там сильная команда профессоров или просто интересные люди собраны, то она будет во много раз лучше, чем полузаброшенная кафедра, где сотрудники появляются раз в месяц, пьют чай и расходятся. Даже если первая дает специальность «механик-прикладник», а вторая — «разработчик, которому стоит сразу платить много денег».

Потому что название - это просто слова, а опыт работы в толковой команде над интересной задачей — бесценен.