Правильно ли я понимаю структуру скрипта, которым можно перегнать в другой формат музыкальную коллекцию, сохраняя иерархию?:
1.) Для каждого подкаталога в «Музыка» (и их подкаталогов): создать подкаталог в «Музыка.формат» (find -type d и mkdir -p)
2.) Для каждого файла в «Музыка» и подкаталогах: перегнать из имеющегося формата в нужный, а потом каждый файл нужного формата копирую по его же пути, но с «Музыка» замененным на «Музыка.формат» (find -type f, перекодировщик, cp)