организация хранения информации

Это всё не нужно - на обслуживание много времени уходит. Вполне хватает простой иерархии каталогов + контекстного поиска (типа Baloo)

А аннотации? Просто текстовым файлом?

Лучше в бложике.

org-mode для не шибко структированных записей. Просто клади в разные директории свой README.org

P.S. От сочетания букв «MS Access» я до сих пор оказываются вздрагиваю

org-mode

Лорчую

Осваиваю org-mode потихоньку, но он как-то более органично в плане TODO смотрится. Хотя очень обширное расширение.

Он органично смотрится для всего. Я сейчас если что делаю, то всё описание сначала туда скидываю, а только затем начинаю создавать итоговые tex- или опять же org-файлы.

Тебе же не гигабайты текста генерить, а для всего что, что набьёшь руками текстовый файл — самое оно.

Gnu/Emacs + org-mode + git-annex.

В репозитории несколько директорий по направлениям (рабочие проекты, хобби, учебные вещи, повседневщина и т.д.). Внутри по org-файлу по более узкой теме в рамках направления. В них подразделы, внтури них записи уже с какой-то информацией или задачей.

Файлы с книгами, поясняющие картинки и прочая бинарщина прицепляется к записи через org-attach в git-annex. Сами записи снабжены тэгами + тэги с наследованием по подразделам.

В agenda формируется план связанного с конкретным днём по тэгам и запланированным датам + датам дедлайнов.

Сейчас думаю над добавлением Memacs на отдельной коробочке на одноплатнике, которая будет синхронизироваться с основным клоном.

Сама репа шифруется через gcrypt, так что не страшно если к основному клону получит доступ злоумышленник.

Вроде укладывается в запросы ТС =)

Чёрт, я для защиты диплома писал нечто подобное(результат студенческая поделка офк, но всё ж не с нуля писать). По-крайней мере для книг.

Отпишись если не найдёшь адекватного решения, пороюсь на предмет исходников, может даже до ума доведу. Будет +1 опенсорсная софтина кому-то полезная.