Говорят, что нет большой разницы между paludis и portage по производительности, потому что алгоритмическая сложность задачи высока сама-по-себе, и переход с питона на C++ почти ничего не даёт.
Знаачит, надо переходить с CPU на GPU. Там много процессоров, вот пусть они зависимости и считают.
Интересные ссылки из связанных топиков:
2017-08-18, Реклама https://github.com/gunrock/gunrock
2015-09-25, где алгоритм? - где-то там
2014-10-28, Оценка влияния количества ebuild-ов в дереве на скорость выполнения emerge
2013-11-09, Идея считать на GPU
2013-07-05, про визуализацию зависимостей
2013-02-28, в squashfs запаковать или в базу sqlite, eix
Если бы не расчёт зависимостей у портежа, гента была бы самым фичастым и стабильным дистрибутивом.