расшифровка repology.org

2. Дубли.
3. Актуальные версии.

number of non-unique packages - это как?

Там же есть легенда. unique у них это когда пакет есть только в одной репе. Видимо считается что если он никому больше не понадобился то он неполноценен. В принципе, логично, если например на AUR посмотреть. Non-unique соответственно пакеты которые есть в 2 и больше репах.

number of fresh packages - это типа разработчик пакета обновил пакет, залил к себе на сайт\гит, а разрабы дистрибутива этот пакет еще не проверили и не добавили в репы, но его можно утянуть и поставить с сайта\гита на свой страх и риск?

Нет, fresh это когда пакет в репозитории на последней версии. Repology неоткуда и незачем узнавать о разработчиках, заливающих кривокосо собранные пакеты на свои сайты, он смотрит только в официальные репы.

number of non-unique packages - это как?

Число пакетов за исключением дистроспецифичных?