Ну, то, что хранятся только те версии исходных текстов, которые упомянуты в .ebuild-файлах.
Вроде бы придумали уже́ распределённый репозиторий git, почему бы не переделать систему зеркал gentoo по аналогии с github, чтобы исходные тексты хранились в git-репозиториях, а zip-архив создавался бы по конкретной версии (конкретному тегу или sha1).
Для того, чтобы это смогло работать, надо переделать систему зеркал и переделать сам portage.
А то полумеры какие-то, основное дерево пакетов генты синхронизируется через git, а файлы с исходниками - нет. Да, я понимаю, что git не один такой, что он завязан на язык «C», а в языке rust - там другая своя система хранения исходников (Pijul или как её там), но ведь в portage есть механизм модулей, вот пусть он это всё учитывает.
Перемещено leave из security