Имеется ввиду прямо правка изменённого текста, включая номера и количество строк в заголовках. У меня - иногда бывает. Причины могут быть разные, я вот вспомнил две:
1) патч не совсем подходит, и вместо того, чтобы мержить его руками (редактировать таргет-файлы для его «применения»), бывает проще (и надёжнее с точки зрения возможных ошибок/опечаток) отредактировать файл патча (или файл .rej с непринятым его куском) и ещё раз его применить
2) сгенерил сам патч на одной системе, перенёс в другую, приготовился применять, а потом внёс ещё небольшие правки в код - вместо того чтобы заново генерировать и пересылать патч, проще бывает эти правки сделать прямо в нём на системе куда он прислан.