GNOME полностью flatpak

Да фиг его знает. Зато не зависимо от версии дистрибутива у тебя свежий гном

Тогда лучше сделать наоборот, поставить дистрибутив со свежайшим гномом, а в него уже стабильные приложения из флатпака.

Я так делаю, мой дистрибутив Ximper.

Не, такого нет. У федоры есть флатпак-репа для гнома, но там соответственно не gdm или шель (собственно DE), а всякий гномо-софт. Для того и задумано, чтобы не зависеть от пакетных реп в этом отношении.

Зато не зависимо от версии дистрибутива у тебя свежий гном

Но зачем? Просто выбираешь дистрибутив со свежим гномом.

Никакого особого профита с дебиана на десктопе нет.

Может кто в курсе, планируется ли такое?

Не думаю. В атомарных редакциях Fedora каждый десктоп это своя редакция, свой базовый слой, хотя как раз они ориентированы на установку приложений в контейнерах.

SUSE вроде обещала сделать установку контейнеров (не знаю, имелись ли в виду флэтпаки или только OCI-контейнеры) с помощью RPM-пакетов, но это тоже про другое. В любом случае, у них пока всё это в активной разработке и понять что там к чему можно будет не ранее чем через год.