Я просто поражаюсь некоторым разработчикам - простите, такую фигню замутить и сделать её по умолчанию:
OGAWA Hirofumi: "It seems that the recent Windows changed specification, and it's undocumented. Windows doesn't update ->free_clusters correctly."
Читайте: Documentation/filesystems/vfat.txt
Короче, в ядрах >= 2.6.22 при монтировании FAT разделов они _полностью_ сканируются все свободные кластеры. У меня флешка на 1GB после обновления до 2.6.22 стала монтироваться по две минуты.
Решение: в опции монтирования вставьте параметр 'usefree' - проблема исчезнет.