Нет, правда. Чем GConf действительно плох?
Приложения хранят свои настройки не в горе каких-то своих конфигурационных файлах, а в виде, который предусмотрен бэкэндом gconf, то есть (в большинстве случаев) - в виде XML-файлов, которые можно редактировать и без gconf-editor.
Ну и что, что в Windows так же? Но ведь там нет возможности руками поправить нужные ключи, без regedit.
Мне кажется, что всё это очень даже неплохо...