Сегодня установил icedtea 1.2 вместо sun jdk 1.6.0.06. Eclipse/CDT (Ganymede) работает без нареканий, вроде даже шустрее (видимо сказывается более свежий компилятор, чем тот которым собирали в Sun, и оптимизация под мой процессор).
Zero собрать не удалось. Точнее сама виртуальная машина с zero собралась, но под ней вываливала исключение какая-то java-программа, используемая при сборке всего остального. Но на x86/amd64 оно ИМХО не сильно и нужно. Тем более что это экспериментальная фича.
P.S. Gentoo ~amd64. Все необходимые ебилды находятся в оверлее java-overlay.
