Нашёл такую фигню:
x11-misc/notification-daemon в заголовках подключает libnotify.h и соответственно без него не собирается. Но в зависимостях это не отражено.
Смотрим ebuild для x11-libs/libnotify - в зависимостях notification-daemon.
Что к чему? Чтобы эту срань собрать пришлось поправить ebuild для libnotify и сделать ebuild <file.ebuild> manifest.
Я что-то не догоняю или надо багу им куда-то засабмитить?