Вот мои старые скрипты на python (когда-то нужно было сделать подобную работу). Не пинать за кривость или убогость кода. Первая программа сохраняет список файлов, владельцев и группы в файле, вторая их восстанавливает. Это всё при условии неизменности uid-ов и gid-ов на машине.