FFMpeg-php

> Тупо делает юзает libavcodec или у ffmpeg есть какой-то API, а не только использование как консольная утилита?

libavcodec как раз и предоставляет часть "какого-то API". Консольная утилита - это всего лишь морда к библиотекам ffmpeg.

P.S. Про ffmpeg-php не знаю, но думаю что это биндинги к тем же библиотекам.

та вроде нет. Я глазами по коду ffmpeg пробежался, так далеко не только обёртка

имею ввиду ffmpeg.c